给大家分享一篇MCP上的文章MSFragger-Labile: A Flexible Method to Improve Labile PTM Analysis in Proteomics，本文通讯作者是来自密歇根大学的Alexey I. Nesvizhskii教授与Daniel A. Polasky研究员，其研究方向为蛋白质组学中计算方法的开发。蛋白质组学常使用搜库的方法进行数据分析，目前对有PTM的肽使用的搜库算法和无修饰肽基本类似，主要的搜索方式假设修饰会在肽上保持完整，单纯地引起连接的氨基酸发生质量偏移。但许多修饰在串联质谱中会独立地发生碎裂，导致计算的与实验发现的碎片离子间产生错误匹配。一些肽仍能通过不含修饰位点的碎片离子进行识别，但许多修饰肽的谱图则不能被正确识别。串联质谱上不稳定发生碎裂的修饰非常常见，例如磷酸化、糖基化、ADP核糖基化等。传统搜库方法允许磷酸化丢失磷酸这类特定的中性丢失以提升搜索效果，但对于例如糖基化的复杂多样的修饰则缺乏灵活性。一些修饰碎裂后也会留下一部分在肽段上，也有一些会产生特征的碎片离子（诊断离子），便于对这些特定修饰进行辨认。为适应这些可碎裂的修饰，作者在MSFragger中添加了不稳定搜索模式，允许通过诊断离子筛选不稳定修饰的谱图，并可设置修饰碎裂后保留质量以提升谱图识别与修饰定位。在不稳定搜索模式中主要有三个主要特性。一是诊断离子，当诊断离子峰强度和超过用户设置的阈值后，则会触发不稳定搜索，其它谱图则只会利用无质量位移的方式进行搜索。二是肽段剩余离子，也即留有部分碎裂（可设为负数，表示氨基酸本身也发生了部分质量丢失）的修饰的整个肽段离子，这种离子在修饰含有多个可碎裂化学键时较常见，例如ADP核糖基化，这些离子会被考虑进搜库打分中。三是碎片剩余离子，也即保留部分修饰的肽段骨架碎片离子，同样这些离子也会像肽段剩余离子一样进入打分，但同时这些离子也可被用于定位修饰。MSFragger可完全使用不稳定搜索模式，或者和传统非碎裂模式进行混合搜索。在混合搜索模式中，不完全碎裂的修饰会使用不碎裂的质量偏移及碎裂后的质量偏移分别搜索，并取最高分数的结果输出。作者使用不稳定模式对RNA交联肽段、糖基化肽段、磷酸化肽段、ADP核糖基化肽段等数据进行了搜索，其搜索表现均好于传统非碎裂模式。
本文作者：JGG
责任编辑：TZY
文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(23)00048-8/fulltext
原文引用：DOI: 10.1016/j.mcpro.2023.100538
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