分享一篇发表在ACS central science上的文章Single-Nucleotide Resolution Mapping of N6-Methyladenine in Genomic DNA，本文通讯作者为武汉大学化学与分子科学学院的袁必锋教授、中国科学院北京基因组研究所的慈维敏研究员、加利福尼亚大学的Yinsheng Wang教授，三位老师都在表观基因组学方面有较为深入的研究。

6mA是一种天然存在的DNA修饰，在各种生物体内都有，且发挥着重要作用。揭示6mA的功能需要精确绘制其在DNA中的位置，已经开发了一些针对6mA的测序方法，但都存在各自的缺点。本文作者开发了一种脱氨酶介导的测序方法（deaminase-mediated sequencing, DM-seq），可以单核苷酸分辨率在DNA中绘制6mA图谱。

该方法是利用了ABE8e这种腺嘌呤脱氨酶可以将DNA中的dA转化为dI的特性，作者认为ABE8e可以催化DNA中A脱氨，但是6mA则不会脱氨，所以可以用来以单核苷酸分辨率绘制DNA中的6mA。首先作者纯化了ABE8e蛋白，并用含有dA或者6mA的60-mer的单链DNA来测试ABE8e的催化脱氨效果，dA脱氨之后会变成dI，可以被Endo V切割，所以作者用Endo V切割法来检测DNA中dA和6mA的脱氨，结果表明ABE8e处理后，dA可以转化为dI并被Endo V切割，但是6mA则不会发生脱氨，且dA到dI的转化十分迅速，需要的ABE8e酶也很少，而6mA用ABE8e处理更长时间，用较大量的ABE8e也不会发生脱氨，LC-ESI-MS/MS结果也表明ABE8e处理不会改变其他核苷酸。

确认了想法的可行性，作者之后建立了DM-seq方法，首先用ABE8e处理了314-bp A-DNA和314-bp 6mA-DNA，后者只含有一个6mA，然后用PCR扩增并进行Sanger测序，所有的dA都会被读取为G，而6mA仍被读为A，从而实现以单核苷酸分辨率对DNA中6mA测序。然后作者利用该方法对大肠杆菌和HepG2细胞的mtDNA中6mA进行全基因组定位，还比较了传统的亚硝酸盐处理的方法与DM-seq的方法，由于亚硝酸盐处理对G也有影响，测序结果的分析需要复杂的生物信息学工作，而DM-seq则不存在这种问题。

综上所述，作者开发了一种简易的方法用于对DNA中6mA精确定位。